O Programa CeNTER estrutura-se em torno de uma linha de investigação, que se encontra organizada em 5 workpackages/atividades (WP), com uma duração total de 36 meses.
O WP 1 assegura a implementação adequada de todas as atividades do Programa.
Os WP 2, 3 e 4 constituem o núcleo da proposta do Programa para a abordagem à Inovação Territorial, incluindo: